Coronavirus: un peu moins de désinformation

Depuis l'apparition du coronavirus j'entends toutes sortes d'informations, parfois contradictoires. Pour cette raison, j'ai décidé de rassembler des informations aussi fiables que possibles. Le but, c'est d'éviter la panique et les décisions basées sur de fausses informations.

Le coronavirus: c'est quoi ? D'où ça vient ?
Le coronavirus, c'est un virus enveloppé, à ARN à sens positif d'une longueur de 30 à 32 000 bases et à symétrie hélicoïdale. Évidemment, avec une définition pareille, vous êtes bien avancés.
Mais globalement, le virus ressemble à ça :

Schéma de l'anatomie d'un coronavirus. L'ARN du virus (filament jaune) est protégé par des protéines formant une capside (points violets) et par une enveloppe composée d'une membrane (rond vert autour de la capside) et de protéines (formes diverses incluses dans la membrane)

Ce coronavirus est le petit dernier d'un groupe de virus: 4 d'entre eux sont typiquement humains et causent en général des rhumes bénins. Deux autres de ses cousins peuvent se transmettre de l'animal à l'Homme: le MERS-CoV, présent au moyen-orient, est transmis par les chameaux ; l'autre est appelé SARS-CoV et passe par les chauve-souris (mais pas que). Il en existe évidemment une myriade d'autres qui ne se transmettent pas à l'Homme.

Le nom de notre virus a donc été SARS-CoV-2 (deuxième coronavirus SARS), puis CoViD-19. Le nom "coronavirus" désigne le groupe dans son ensemble.

Arbre phylogénétique du coronavirus nCoV-2019. Les souches qui ont émergé récemment de Chine (en rouge) sont très proches du virus du SARS (le dernier nom en rouge). Les coronavirus sont nombreux, mais peu d'entre eux se transmettent à l'Homme. Les plus communs d'entre eux sont inoffensifs.

A retenir:
 - Le coronavirus de Wuhan a différents noms: SARS-CoV-2, nCoV-19, CoViD-19
 - Il fait partie d'une grande famille de virus ciblant principalement les animaux (mammifères en général)
 - Le CoViD-19  est un cousin du SARS, d'où un ancien nom : SARS-CoV-2


A quel point est-il dangereux ?
La majorité des patients atteints par ce virus sont des personnes à risque : des personnes âgées, ou avec des risques aggravants (diabète, hypertension, maladies cardio-vasculaires...). Peu de cas ont été détectés chez des enfants.

La contamination se fait par inhalation de micro-gouttelettes, diffusées par un éternuement, ou une quinte de toux. On peut aussi absorber le virus de façon indirecte, en touchant son visage avec un objet contaminé, comme un stylo ou ses mains. Le virus cible les cellules pulmonaires.
Bon à savoir: le virus ne se transmet pas de la mère enceinte à son enfant, via le placenta.

Le temps d'incubation moyen est de 5 jours mais peut aller jusqu'à 12 jours. Pendant toute cette période, une personne atteinte n'est pas contagieuse mais finira par développer des symptômes. C'est à l'apparition des symptômes qu'une personne atteinte devient contagieuse.
Il arrive aussi que les personnes atteintes ne développent pas de symptômes, on les appelle les porteurs sains. Je n'ai pas beaucoup d'informations à ce sujet malheureusement.

Les symptômes sont de la fièvre et une toux sèche. Dans certains cas, la maladie peut évoluer en pneumonie. La mortalité arrive surtout chez les personnes à risque et les malades non-traités.

Recensement des symptômes du coronavirus nCoV-19 ou CoViD-19. En général, la contamination implique une fièvre, de la toux, des difficultés à respirer, parfois une diarrhée. Les cas les plus graves impliquent une pneumonie, et parfois une défaillance des reins, le tout pouvant entraîner la mort. Les symptômes peuvent être traités mais il n'existe pas de vaccin à l'heure actuelle.

Le dépistage du virus se fait soit en identifiant le génome du virus dans un prélèvement de cellules du patient (un coton-tige dans la bouche par exemple) soit par détection des anticorps dirigés contre le virus dans le sang du patient. Ces anticorps peuvent être détectés 10 à 15 jours après la contamination.

A retenir:
 - Contamination: via les gouttelettes dispersées dans l'air (toux, éternuement) ou par contact indirect. On est contagieux au premier symptôme, pas avant.
 - Incubation: 5 jours en moyenne, 12 jours maximum.
 - Symptômes: d'abord la fièvre, la toux sèche, éventuellement la diarrhée puis une difficulté à respirer. C'est une pneumonie, ça peut devenir grave si vous avez du mal à respirer.
 - Population cible: tout le monde peut se faire contaminer et tomber malade. Les personnes fragiles développent plus facilement les formes graves. Il y a eu peu de cas d'enfants jusqu'ici.
 - Traitement: pas de vaccin jusqu'ici, pas de traitement antiviral recommandé. Pour guérir, il faut traiter les symptômes.


Pour vous donner une idée de la dangerosité du virus, voici un graphique qui situe le CoViD-19 par rapport à d'autres maladies. Les chiffres donnés sont à prendre avec des pincettes.
BFM TV compare la dangerosité du CoViD-19 avec d'autres maladies. Attention, source peu fiable!

Deux chiffres sont à prendre en compte dans la transmission d'une maladie:
- Le "basic reproduction number" noté R0, indique le nombre moyen de personnes qu'un malade va contaminer
- Le taux de mortalité, qui indique le pourcentage de morts par rapport aux cas recensés.

Pour le CoViD-19, le R0 varie de 1.5 à 3.5 selon les situations, là où le R0 de grippe est à 1.5.
Le taux de mortalité du coronavirus se situerait autour de 4% :
A la date du 16 mars, 165 515 cas ont été recensés dans le monde pour 6606 morts à travers le monde (dont 3218 en Chine).
Soit 3.99 % de mortalité.
A titre de comparaison, la grippe saisonnière fait de 290 000 à 650 000 morts par an dans le monde.
Tout ça pour dire que ce virus n'est pas beaucoup plus dangereux ou virulent qu'une grippe ordinaire.

D'ailleurs, l'Université de Toronto a développé un outil de modélisation qui vous permet de faire varier ces deux chiffres pour vous faire une idée :
Amusez-vous à simuler l'évolution de l'épidémie !

A retenir:
 - R0: nombre moyen de personnes qu'un malade va contaminer.
 - Taux de mortalité: pourcentage de décès dus à la maladie parmi les personnes atteintes.
 - CoViD-19: le R0 se situe entre 1.5 et 3.5 (selon les situations), le taux de mortalité (actuel) est de 3.99 %
 - Ce virus a fait bien moins de morts dans le monde que la grippe saisonnière en 1 an


D'où vient cette épidémie ?
Tout commence le 30 décembre 2019. Ce jour-là, 4 cas de pneumonie sont rapportés à Wuhan et sont apparemment liées au marché aux animaux local. Les autorités sanitaires sont tout de suite alertées: la dernière fois que des cas de pneumonie ont été reliés à un marché aux animaux, on a découvert le SRAS, un virus assez proche et... problématique.
Dans les jours qui viennent, le virus est identifié: c'est un petit frère du SRAS !

Puis tout va très vite: le 10 janvier, le génome du virus de Wuhan est publié, chaque pays peut maintenant préparer des amorces qui permettront de dépister ce virus dans leur population.
C'est à ce moment-là que la maladie est appelée CoViD-19 (CoronaVirus Disease-2019 en anglais, ou "maladie à coronavirus de 2019"). Les scientifiques savent donner de jolis noms aux choses.

Le 12 janvier, le premier mort causé par ce nouveau virus est identifié. A ce moment-là, seules 41 personnes sont infectées, toutes liées au marché de Wuhan.

Le 13 janvier, premier cas de transmission d'homme à homme en Thaïlande. On parle d'épidémie à présent.

Le 18 janvier, on dénombre 71 902 cas dans le monde, et 1775 morts.

Le 11 mars, on parle maintenant de pandémie.

Pour la petite histoire, ce nouveau virus viendrait du pangolin, un mammifère tout mignon et très blindé, qui l'aurait transmis à un des animaux du marché de Wuhan.

Photographie d'un pangolin. C'est mignon un pangolin.

Je vous laisse regarder cette vidéo de l'Institut Pasteur, qui résume à la fois l'historique de la maladie et la situation en général. Le chercheur (français) parle en anglais, mais la vidéo est sous-titrée en français.

A retenir:
 - Les premiers cas d'infection au virus nCoV-19 se sont déclarés à Wuhan le 30 décembre 2019 : 4 pneumonies.
 - Le réservoir sauvage du virus serait le pangolin, qui aurait contaminé l'un des animaux du marché de Wuhan


Que pouvons-nous faire en tant que citoyens pour arrêter cette épidémie ?
Les mesures à adopter sont globalement les mêmes que pour la grippe: tousser ou éternuer dans son coude, ne pas serrer les mains ou faire la bise, jeter les mouchoirs utilisés (même une seule fois !), se laver les mains régulièrement.
Il y a aussi quelques mesures supplémentaires: mettre un masque si vous êtes malade ou si vous entrez dans une zone à risque (salle d'attente chez le médecin...).

Aujourd'hui, il n'existe pas de vaccin ou de médicament détruisant spécifiquement le virus, alors la prévention reste notre meilleure arme.

Si vous vous sentez malade, n'allez pas voir votre médecin, appelez-le! Il vous donnera la marche à suivre. Vous pouvez aussi appeler le SAMU (le 15) si vous, ou quelqu'un près de vous, a du mal à respirer, en plus de la fièvre et de la toux.

Certaines mesures exceptionnelles ont été adoptées par le gouvernement de nombreux pays: interdire les regroupements, fermer les restaurants, les bars et les lieux de rassemblement en général, annuler les évènements sportifs...
On parle de "distanciation sociale".

Affiche conseillant des mesures d'hygiènes adaptées pour éviter la propagation d'une maladie. Affiche diffusée par le Québec, qui se sent aussi concerné par cette épidémie. Ils sont trop sympas, ces Québécois.

Et le confinement dans tout ça ? Ce n'est pas un peu extrême, comme mesure ?
La mesure de confinement adoptée par la France notamment consiste à garder la population chez elle tout en gardant certaines activités essentielles en fonctionnement (personnel médical, police/gendarmes, certaines administrations...).

Cette mesure devrait durer ... jusqu'à nouvel ordre, si j'ai bien compris. Elle durera au minimum 15 jours puisque la période d'incubation dure au maximum 12 jours.
Cette durée permettra de s'occuper des malades au fur et à mesure qu'ils se déclarent.

A retenir:
 - Restez chez vous si vous le pouvez
 - Suivez les consignes de sécurité (hygiène des mains, distance avec les personnes)
 - Ne paniquez pas, ce n'est jamais utile.
 - Les activités non-essentielles sont arrêtées ou marchent au ralenti (chômage partiel, télétravail, arrêt de travail...)
 - Ne gênez pas les activités essentielles (services de santé, approvisionnement en nourriture ou matériel médical, administrations...)
 - Durée du confinement : au moins 15 jours, pour que tous les cas se déclarent et puissent être traités en toute sécurité


Quelle est l'utilité réelle de ces mesures ?
L'intérêt de toutes ces mesures est de limiter le contact entre les personnes pour empêcher le virus de se propager. Mais ce n'est pas tout.

Lors d'une épidémie, si rien n'est fait, un nombre de cas très important se déclare en peu de temps, puis diminue tout aussi rapidement.
Malheureusement, les ressources du système de santé (hôpitaux, cliniques...) sont limitées, donc tous les patients ne peuvent pas être pris en charge et le nombre de morts est important.

Par contre, si une mesure de confinement est prise, le nombre total de malades sera le même, mais il y en aura moins à la fois, et ils seront espacés dans le temps.
De cette manière, les systèmes de santé peuvent s'occuper de tout le monde et réduire le nombre de morts à son minimum.

On dit qu'on "applatit la courbe" ("flatten the curve" dans la langue de Terry Pratchett).

Comparaison du rythme d'apparition de nouveaux cas pendant une épidémie, avec ou sans confinement. La courbe violette représente l'évolution d'une épidémie sans mesure de confinement, la courbe hachurée représente la même évolution lorsqu'une mesure de confinement est prise

Voici un exemple.
Pendant la pandémie de grippe de 1918, deux villes des USA, St Louis et Philadelphie ont été touchées par la maladie.
La ville de St Louis a adopté une mesure de confinement comparable à celle en vigueur aujourd'hui.
Résultat: le nombre de malades atteints en même temps était faible, donc les hôpitaux ont pu s'occuper de tous les patients au fur et à mesure. Il y eut peu de morts à St Louis à cette occasion.

La ville de Philadelphie, de son côté, n'a adopté aucune mesure de confinement.
Rapidement, un grand nombre de malades s'est déclaré, le système de santé de la ville a rapidement été débordé et tous les patients n'ont pas pu être soignés. Inutile de dire que cette ville a mal enduré cette épidémie de grippe.

Comparaison de l'évolution du nombre de morts entre Philadelphie (trait plein) et St Louis (pointillés) pendant la pandémie de grippe de 1918. La ville de St Louis avait pris une mesure de confinement alors que Philadelphie n'en a pas pris.

Voici des vidéos qui vous expliqueront très clairement ce concept:
Pour les anglophones, la chaîne "It's Okay to be Smart"

Pour les autres, Bruce Benamran de la chaîne e-penser se débrouille bien aussi.

Sources
Images
Schéma du coronavirus
http://1.bp.blogspot.com/-ZYAfpYrrnvs/UZLoHnvOBcI/AAAAAAAA340/X7g2DFfCBHs/s1600/sars01.jpg

Arbre phylogénétique des coronavirus
https://trustmyscience.com/wp-content/uploads/2020/02/genomes-coronavirus.jpeg

Symptômes du coronavirus nCov-19
https://indianewengland.com/wp-content/uploads/2020/01/Corona-Virus-symptoms.png

Affiche mesures d'hygiène au Québec
https://ville.varennes.qc.ca/sites/default/files/news/infographie-coronavirus-infections.jpg

Photographie d'un pangolin
https://blogger.googleusercontent.com/img/b/R29vZ2xl/AVvXsEga2qWaAZ85xztV5YrNi4N9iPW9tFUxx-eOx_yUujvAD00HgcPDIDKr9AZaLRbgZsWzH1fANH4zi8ip8r4-gpEaK2MFa0sqcT9hVV_2fpsktnSNgYpIOvhrOnNmUs53FIyLzlkq-Vl40JCY/s1600/Pangolin-pic-2013-05.jpg

Vidéos
Institut Pasteur: résumé de la situation
https://youtu.be/4l_NxT9XJHk

It's Okay to be Smart: flatten the curve
https://www.youtube.com/watch?v=fgBla7RepXU&list=WL&index=10&t=332s

e-penser: un point sur le coronavirus
https://www.youtube.com/watch?v=dp1thcnPbiM&list=WL&index=7

Articles, textes, rapports
Rapport du CDC de 2017 "community Mitigation Guidelines to Prevent Pandemic Influenza"
https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/66/rr/rr6601a1.htm#F1_down

Article de Richard J. Hatchett, Carter E. Mecher et Marc Lipsitch "Public health interventions and epidemic intensity during the 1918 influenza pandemic" 2007
https://www.pnas.org/content/pnas/104/18/7582/F1.medium.gif

Article de Adriaan H. de Wilde, Eric J. Snijder, Marjolein Kikkert et Martijn J. van Hemert "Host factors in coronavirus replication" 2017. DOI: 10.1007/82_2017_25

Susan R. Weiss, Julian L. Leibowitz. "Coronavirus pathogenesis". Advances in Virus Research, Volume 81, Chapitre 4. DOI: 10.1016/B978-0-12-385885-6.00009-2

Article de Chih-Ceng Lai, Tzu-Ping Shih et al. "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease-2019 (COVID-19): The epidemic and the challenges". 2020. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105924

Article de Hussin A. Rothan, Siddappa N. Byrareddy "The epidemiology and pathenogenesis of coronavirus disease (COVID-19) outbreak" 2020. https://doi.org/10.1016/j.jaut.2020.102433

Nombre de morts par an dans le monde dus à la grippe saisonnière (OMS)
https://www.who.int/fr/news-room/fact-sheets/detail/influenza-%28seasonal%29